民事訴訟法に以下のような規定があります。
第224条第4項
「私文書は、本人又はその代理人の署名又は押印があるときは、真正に成立したものと推定する。」
「推定」とは「そうでない事実が判明しない限りはそのように取り扱う」ということですので、本人等の署名または押印があればその文章は、そうでないという証明がない限り、真正なものだという扱いにしますよ、と規定されているのです。
これが電子上の手続きですと署名も押印もできないですからこの推定が働きません。そこで、電子署名法第3条にはこのような規定がされています。
第3条
「電磁的記録であって情報を表すために作成されたもの(公務員が職務上作成したものを除く。)は、当該電磁的記録に記録された情報について本人による電子署名(これを行うために必要な符号及び物件を適正に管理することにより、本人だけが行うことができることとなるものに限る。)が行われているときは、真正に成立したものと推定する。」
つまり、電磁的記録であっても「電子署名」がされたものであれば、紙に署名や押印をした場合と同じように推定が働くのです。
ここが、単なる電子上の手続きと「電子署名」付きの手続きとの法的な意味での違いです。